Fontan est, avec Berghe supérieur et inférieur, un ancien hameau de Saorge. Cette bourgade prend brusquement de l'importance quand, après avoir fait construire le grand chemin ducal, une halte fut fondée en 1616 au lieu dit de Fontan. Ce village deviendra une zone frontalière assez active. En effet, tout le trafic commercial entre le littoral et le Piémont passe par Fontan qui se développe considérablement.

Au 19ème siècle, le village se sépare de Saorge. Attaqué en 1940, Fontan voit l'installation des troupes italiennes qui tentent en vain de gagner les habitants à la cause mussolinienne. A la déroute italienne, les allemands s'installent dans le village qui sera libéré en 1945 par le 29ème RTA des FFL.

Le village de Fontan fut crée en 1616 pour servir de halte sur la route du sel. Son église paroissiale Notre Dame de la visitation, construite dans le style baroque, possède un  clocher entièrement recouvert de stuc, coiffé d'un bulbe piriforme aux tuiles vernissée multicolores qui contraste avec les lozes violettes du toit de l'église. Cette église renferme un orgue historique qui fait partie de la route des orgues.